Bibliotecas escritas en Nextflow

rnaseq

Pipeline de análisis de secuenciación de ARN utilizando STAR, RSEM, HISAT2 o Salmon con recuentos de genes/isoformas y un amplio control de calidad.
  • 646
  • MIT

patterns

Una colección seleccionada de patrones de implementación de Nextflow (por nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Pipeline de análisis para detectar variantes somáticas o de línea germinal (preprocesamiento, llamada de variante y anotación) a partir de WGS/secuenciación dirigida.
  • 256
  • MIT

chipseq

Canalización de análisis diferencial, control de calidad y llamada de picos de ChIP-seq.
  • 149
  • MIT

atacseq

Tubería de análisis de control de calidad y llamada de picos de ATAC-seq.
  • 142
  • MIT

mag

Montaje y binning de metagenomas.
  • 134
  • MIT

eager

Una tubería de análisis de ADN antiguo totalmente reproducible y de última generación.
  • 96
  • MIT

configs

Archivos de configuración utilizados para definir parámetros específicos para entornos informáticos en diferentes instituciones (por nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Una prueba de concepto de la tubería RNAseq.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) flujo de trabajo de mejores prácticas para enfermedades raras.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Tipificación HLA de precisión a partir de datos de secuenciación de última generación.
  • 45
  • MIT

rnatoy

Una prueba de concepto de canalización de RNA-Seq con Nextflow.
  • 28

GATK

Variante de línea germinal llamando a la canalización de Nextflow basada en las mejores prácticas de GATK4.
  • 11