Bibliotecas escritas en Nextflow
rnaseq
Pipeline de análisis de secuenciación de ARN utilizando STAR, RSEM, HISAT2 o Salmon con recuentos de genes/isoformas y un amplio control de calidad.
- 646
- MIT
patterns
Una colección seleccionada de patrones de implementación de Nextflow (por nextflow-io).
- 281
- MIT
sarek
Pipeline de análisis para detectar variantes somáticas o de línea germinal (preprocesamiento, llamada de variante y anotación) a partir de WGS/secuenciación dirigida.
- 256
- MIT
chipseq
Canalización de análisis diferencial, control de calidad y llamada de picos de ChIP-seq.
- 149
- MIT
configs
Archivos de configuración utilizados para definir parámetros específicos para entornos informáticos en diferentes instituciones (por nf-core).
- 71
- MIT
hlatyping
Tipificación HLA de precisión a partir de datos de secuenciación de última generación.
- 45
- MIT
GATK
Variante de línea germinal llamando a la canalización de Nextflow basada en las mejores prácticas de GATK4.
- 11